根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。根据医院分类，分为传染病医院和综合医院。医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
乡镇卫生院污水处理设备在开机前做如下检查工作：检查污水处理一体化设备的风机油位是否正常，转动是否灵活，地脚螺栓有无松动，开机前须将润滑油加至标准油位，地脚螺栓须紧固，用手转动风机应无沉重感及异常响动，风机转动方向须与运行方向一致。
乡镇卫生院污水处理设备原则：
1.全过程控制原则。对医院污水产生、处理、排放的全过程进行控制。
2.减量化原则。严格医院内部卫生安全管理体系，在污水和污物发生源处进行严格控制和分离，医院内生活污水与病区污水分别收集，即源头控制、清污分流。严禁将医院的污水和污物随意弃置排入下水道。
3.就地处理原则。为防止医院污水输送过程中的污染与危害，在医院必须就地处理。
4.分类指导原则。根据医院性质、规模、污水排放去向和地区差异对医院污水处理进行分类指导。
5.达标与风险控制相结合原则。考虑综合性医院和传染病医院污水达标排放的基本要求，同时加强风险控制意识，从工艺技术、工程建设和监督管理等方面提高应对突发性事件的能力。
6.生态安全原则。有效去除污水中有毒有害物质，减少处理过程中消毒副产物产生和控制出水中过高余氯，保护生态环境安全。
